ผลงานทางวิชาการที่สำคัญ คือ หนังสือวัฒนธรรม ศาสนา และชาติพันธุ์ : วิเคราะห์สังคมไทยแนวมานุษยวิทยา และหนังสือความหลากหลายทางวัฒนธรรม : กระบวนทัศน์และบทบาทในประชาสังคม นอกจากนี้ยังมีผลงานวิจัยเกี่ยวกับการพัฒนาสังคม การพัฒนาสตรีและเยาวชน ขบวนการประชาสังคม และขบวนการประชาธิปไตย เป็นต้น

ศ.ดร.อมรา พงศาพิชญ์ มีผลงานสิ่งตีพิมพ์ในระดับนานาชาติหลายรายการ ได้แก่ [6]

1. Recent Trends in International Migration in Asia (UN Economic and Social Commission for Asia and the Pacific, Asian Population Studies Series No. 137) by Amara Pongsapich (Pamphlet - 1995)
2. Defining the Nonprofit Sector: Thailand by Amara Pongsapich, Lester M. Salamon, and Helmut K. Anheier (Paperback - Aug 1993)
3. The development of the concept of land ownership and its consequences in Thung Kula Ronghai area by Amara Pongsapich (Unknown Binding - 1983)
4. Institutional and Human Resources Development in the Chonburi Region by Amara Pongsapich et al (Paperback - 1979)
5. Occasional papers on women in Thailand (Publication) by Amara Pongsapich (Unknown Binding - 1988)
6. Philanthropy, NGO activities, and corporate funding in Thailand by Amara Pongsapich (Unknown Binding - 1994)
7. Thailand nonprofit sector and social development by Amara Pongsapich (Unknown Binding - 1997)
8. The urban poor in Bangkok: A review of recent studies and a strategy for action : IYSH-1987 by Amara Pongsapich (Unknown Binding - 1986)
9. Village Khon Kaen: Social and economic conditions of a rural population in North eastern Thailand by Amara Pongsapich (Unknown Binding - 1976) - Import